高速大容量冷冻离心机分离细胞时，细胞受到离心力和流体静压力的作用，会改变细胞的活性、内部结构和转录模式。使用强离心场会破坏细胞，如果离心场太强，会使细胞膜破坏。若损坏不严重，大多数细胞在离心后的一段时间内，形态和功能都会得到恢复。
一般来说，等密度区带离心所使用的离心力比速率区带离心所使用的离心力大，降低梯度柱高度可相应降低离心力，使用低粘度介质可降低离心力对细胞的损伤。淘洗离心不使用密度梯度，可使用相对低的离心力进行分离，对细胞功能的影响最小。
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