一、总分公司模式下，总公司注册地的筹划
总分公司模式下，总公司具有法人主体资格，分公司不具有法人主体资格，不对外独立承担法律责任。从纳税义务上来看，总分公司通常实行汇总纳税，经营亏损可以用其他机构的盈利进行补亏。
按照《财政部 国家税务总局 中国人民银行关于印发〈跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理办法〉的通知》（财预〔2012〕40号）、《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》 (税务总局公告2012年第57号)的规定， 我国汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法。税款预缴、汇算清缴、查补税款等均按照法定的分摊比例进行。若总分机构适用税率相同，则可以直接计算应纳税总额，然后按照比例在总机构和分支机构之间进行分摊计算各自应纳税额。若各机构适用税率不同，则需要先计算出各自应纳税所得额、应纳税额，汇总计算出应纳税总额，然后按照比例在总分机构之间进行分摊。举例来看，如果总公司位于西部大开发地区，并且符合税收优惠相关条件，作为汇总纳税总公司，总机构分摊的50%的应纳税所得额可以适用15%的优惠税率缴纳企业所得税，从而实现税负的降低。
二、母子公司模式下，母公司注册地的筹划
母子公司模式是目前非常普遍的一种企业组织架构安排，从法律上看，母子公司都是独立的法人，独立承担责任。通常母公司承担战略决策、财务融资政策制定、研发等职能，子公司按照母公司的统一战略分工组织制造加工运营。
就税收而言，母子公司可以享受100%股权关系母子公司间资产“免税”划转、直接投资的居民企业间股息红利免税等优惠政策。尤其，母公司在扩张或收缩企业规模的过程中，通常是通过资产、股权收购、转让实现的，在股权转让过程中，如果母公司能够享受区域性的税收优惠政策，则可以实现转让税负的合理降低，实现企业及其股东税收利益最大化。
三、集团控股模式下集团公司注册地的选择
对于500强企业以及大型企业集团而言，由于经营规模的巨大，通常采用集团控股模式，其中，集团控股公司主要充当资本运作平台、发挥金融功能。
在当前税务管理不断规范的背景下，集团控股公司进行并购重组、引进战略投资者、股份减持、投资退出等资本运作的税负十分沉重。不仅影响投资者利益，对于企业商业战略推进也会产生负面影响。资本运作的主体适用的法定税负率直接决定资本运作的税负情况。因此，集团控股公司如果适用较低的税负率，则可以降低资本运营中高额溢价收入产生的高额税负。
总结：快牛网建议，在选择和规划总公司、母公司、集团控股公司注册地的过程中，应该充分结合企业目前公司架构和实际经营，具有合理商业目的，以应对日益增加外部一般反避税风险。在争取税收优惠政策时，应按照规定提供规范、严谨、全面的税收优惠申请、备案材料，避免因工作失误产生的潜在税务风险，尤其是刑事风险。税务筹划专业性极强，企业应对税法原理、税收政策有非常充分的理解和把握，同时关注其中的非税成本和隐形税收，制定切实可行可操作的税务筹划方案。
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