病毒是一群体积微小、结构简单、以核酸为中心、以蛋白质为外壳、没有细胞结构的颗粒，并在细胞内寄生的微生物。由于大多数病毒缺乏自身的繁殖的酶系统，不能单独进行新陈代谢，只有进入细胞内依赖宿主的酶系统才能生存繁殖。其病毒侵袭的第一阶段多是附着于细胞表面，在这个时期用抗病毒药主要是通过阻止病毒穿入细胞或脱壳而发生作用；第二阶段是病毒通过细胞膜进入细胞内，然后在细胞内合成病毒蛋白，这就使药物在对病毒产生作用的同时，也可杀伤宿主的正常细胞；游离的病毒可以被抗体中和但不能被药物所攻击，因为目前为止尚未获得只杀伤病毒而不损伤宿主的抗病毒药。另外病毒感染的临床症状经常在病毒感染生长的高峰之后才出现，也导致药物难以发挥作用。
目前，抗病毒药仍然优于疫苗，在于它能预防和治疗已经发生的感染。一个好的抗病毒药物应是安全、有选择性、有口服生物利用度、能透过血脑屏障、价格适宜的，比如阿糖腺苷、阿昔洛韦等。而疫苗则仅在感染发生前起作用，并且每批制造加工的疫苗必须检查其效力和有无致病力。此外有些尚未培养成功的病毒，也不能制备疫苗，对这些病毒所致疾病，只能用药物治疗。但疫苗的作用是有历史记载的，它使天花得到了根除，使脊髓灰质炎、麻疹等得到了控制，但在控制呼吸道等病毒感染的疾病上，至现在还没有有效的疫苗，因为此类疫苗要求含有大量的各种抗原成分，而流感病毒的抗原性变异较大，使一种新的病毒出现并流行时过去的疫苗往往是无效的，比如近几年流行的人禽流感病毒和手足口病病毒。
其实病毒与细菌是一样的，随着抗病毒药的问世并在临床上被广泛使用，它们也以同样的方式抵抗着抗病毒药物，它在抑制某种致病性的病毒侵袭和繁殖后这种病毒引起的临床病征复又出现，这就可能出现了子代病毒引起了感染，这类子代病毒就具有抵抗抗病毒药的作用。另外，病毒繁殖的细胞类型也是病毒耐药性产生的因素，如流感病毒仅能感染呼吸道、肠道等黏膜细胞而不能感染其他细胞。由于病毒繁殖的细胞类型不同，病毒对抗病毒药的敏感性也不同。病毒的耐药性在病毒病的治疗中也是没有多大意义的，因为目前大多数病毒感染还不能用抗病毒药来完全治愈。
目前临床上应用的抗病毒药主要有以下几类：
1. 抑制脱氧核糖核酸型病毒(抗DNA) 主要有阿昔洛韦、阿糖腺苷、阿糖胞苷等。阿昔洛韦主要对若干疱疹病毒(均为DNA病毒)，包括单纯疱疹病毒1和2型、水痘-带状疱疹病毒和EB病毒的复制有强烈的选择性抑制作用，但对人类巨细胞病毒感染的疗效较差。阿昔洛韦的高度选择性与其作用机制有关，它首先被磷酸化为阿昔洛韦单磷酸酯，其在受HSV感染的细胞中能通过病毒基因编码的胸腺嘧啶核苷激酶的作用而高效率的进行，而在未受感染和细胞中阿昔洛韦几乎不发生磷酸化，因此该药被集中在受单纯疱疹病毒（HSV）感染的细胞内。临床上主要用于包括免疫损伤者的黏膜皮肤HSV感染、HSV脑炎和新生儿HSV感染、水痘和带状疱疹，尤其是原发和复发性生殖器HSV感染，有效率较高。尽管该药作为治疗作用已经确立，但对新生儿或老年人的中枢神经系统的HSV感染，效果仍不理想，说明需要进一步改进治疗方法。
2 . 抑制核糖核酸型病毒(抗RNA) 主要有病毒唑(利巴韦林)，该药是一种合成的核苷类似物，它可抑制多种RNA和DNA病毒。其作用机制尚未完全确定，并且对不同的病毒作用机制也不同。此药在儿科主要用于治疗住院婴幼儿呼吸道合胞病毒(RSV)肺炎和毛细支气管炎，用雾化吸入给药，还可用于治疗青少年的副流感病毒和甲型及乙型流感病毒感染。口服用药治疗流感无效，但此药大剂量应用该药时，可出现对造血系统的毒性，包括溶血性贫血，尚有致突变性、致畸性及对胚胎的毒性，因此妊娠期妇女禁用。该药与干扰素合用可治疗慢性丙型肝炎病人，其疗效优于单独使用其中任何一种的疗效。
3. 激发宿主细胞合成抗病毒蛋白、抑制病毒繁殖 如干扰素等。干扰素是具有广谱抗病毒活性以及免疫调节和抗增殖作用的一类细胞因子。该药在预防人类实验性诱发的鼻病毒感染预防中以及在免疫受抑制的病人中的水痘-带状疱疹病毒感染的治疗中有效。但治疗时可出现发热、寒战、肌痛、乏力、神经毒性以及白细胞减少等不良反应。在美国，干扰素被批准应用于治疗慢性乙肝病毒感染、慢性丙型肝炎、尖锐湿疣、毛细胞性白血病和卡波济肉瘤。
4 . 阻止病毒穿入宿主细胞和脱壳，防止宿主细胞感染 如金刚烷胺等，除对粘病毒、副粘病毒有效外，还对风疹病毒等有抑制作用，此药适用于流感的预防或早期治疗，其作用机制是防止流感病毒吸附于宿主细胞表面，因此适合于预防和病程早期治疗甲型流感。另有抑制病毒颗粒表面神经氨酸酶活性、阻止病毒释放：异喹啉类等也可以有效预防和治疗病毒性感染疾病。
理想的抗病毒药应具有广谱的抗病毒活性，而对正常细胞无损伤作用，未来治疗的努力必须直接面向开发安全、有选择性和比较廉价的抗病毒药物，由于药物研制的发展其作用机制可能改变，但必须要保证药物的使用安全。